معاون پژوهشکده، برنامه‌یزی و سازماندهی امور، طراحی و نظارت و مدیریت تمامی مسائل، بعد از ریاست پژوهشکده را بر عهده دارد. معاون به طور مستقیم با فعالیت‌های پژوهشی و اجرایی در ارتباط است.
معاون پژوهشکده توسط رئیس پژوهشکده انتخاب و با حکم وی منصوب می‌شود و علاوه بر عضویت در شورای پژوهشی، وظایف زیر را بر عهده دارد:
1. اعلام نیازهای مطالعاتی و پژوهشی پژوهشکده به رئیس پژوهشکده؛
2. نظارت بر حسن اجرای طرح‌های مطالعاتی و پژوهشی؛
3. هماهنگی با رئیس پژوهشکده به منظور فراهم آوردن تسهیلات لازم برای شرکت اعضای هیات علمی پژوهشکده در گردهمایی‌های داخل و خارج کشور و نظارت بر انجام ماموریت‌ها؛
4. نظارت بر گردآوری و نگهداری اسناد، مدارک و یافته‌های پژوهشی؛
5. نظارت بر امور حمایت از پژوهش و پژوهشگران؛
6. ایجاد هماهنگی لازم و نظارت بر ارائه خدمات مشاوره علمی، تخصصی و پژوهشی به سازمان‌ها و دستگاههای متقاضی؛
7. نظارت بر حسن اجرای قراردادهای پژوهشی؛
8. پیشنهاد برنامه‌های پژوهشی و آموزشی سالانه پژوهشکده به رئیس پژوهشکده؛
9. تدوین بودجه پیشنهادی سالانه برای تصویب هیات امنا؛
10. برنامه‌ریزی، هدایت و نظارت بر واحدهای تحت سرپرستی به منظور حسن اجرای وظایف محوله؛
11. نظارت بر امور چاپ و نشر؛
12. نظارت بر برنامه‌ریزی امور مالی و پشتیبانی گروههای پژوهشی؛
13. نظارت بر وصول درآمدها و سایر دریافت‌های پژوهشکده؛
14. نظارت بر انجام صحیح هزینه‌ها و سایر پرداخت‌ها و نگهداری حساب‌ها؛
15. برنامه‌ریزی و اداره امور کارکنان پژوهشکده و اقدام برای تامین نیروی انسانی با هماهنگی و همکاری واحدهای ذیربط طبق قوانین و مقررات مصوب؛
16. تهیه و تدوین گزارش عملکرد مالی پژوهشکده؛
17. نظارت بر امور رفاهی کارکنان؛

ساختار سازمانی »»»